La estructura del IMER a nivel jerárquico se encuentra establecida de la siguiente forma
DENOMINACIÓN DE LOS CARGOS.
Teniendo en cuenta la naturaleza de las funciones, requisitos y competencias laborales exigidas para su desempeño, los cargos en el IMER serán agrupados en los siguientes niveles y su denominación cumplirá los parámetros establecidos en el Decreto Nacional 785 de 2005:
Directivo, Primer Nivel: agrupa los cargos a los cuales le corresponden funciones de direccionamiento estratégico, formulación de políticas institucionales y de adopción de políticas, planes, programas y proyectos. Su caracterización implica el cumplimiento de funciones de dirección, conducción y orientación.
Asesor, Segundo Nivel: agrupa los empleos cuyas funciones consisten en asistir, aconsejar y asesorar directamente a los empleados públicos de la alta dirección del instituto.
Profesional, Tercer Nivel: agrupa los empleos cuya naturaleza demanda la ejecución y aplicación de los conocimientos propios de cualquier carrera profesional, diferente a la técnica profesional y tecnológica, reconocida por la ley y que según su complejidad y competencias exigidas les pueda corresponder funciones de coordinación, supervisión y control de áreas internas encargadas de ejecutar los planes, programas y proyectos institucionales.
Técnico, Cuarto Nivel: comprende los empleos cuyas funciones exigen el desarrollo de procesos y procedimientos en labores técnicas misionales y de apoyo, así como las relacionadas con la aplicación de la ciencia y la tecnología.
Asistencial, Quinto Nivel: comprende los empleos cuyas funciones implican el ejercicio de actividades de apoyo y complementarias de las tareas propias de los niveles superiores o de labores que se caracterizan por el predominio de actividades manuales o tareas de simple ejecución.